甲基化檢測分析服務

DNA甲基化研究是表觀遺傳學的重要內容,真核生物中的甲基化僅發生于胞嘧啶,即在DNA甲基化轉移酶的作用下使CpG二核苷酸5’-端的胞嘧啶轉變為5’-甲基胞嘧啶。DNA甲基化通常抑制基因表達,去甲基化則誘導了基因的重新活化和表達。這種DNA修飾的方式在不改變基因序列前提下實現對基因表達的調控,在脊椎動物的胚胎發育過程中起著重要的調控作用,參與多種疾病包括各種腫瘤的發病機理,是目前表觀遺傳學研究的熱點。

主要技術原理

用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA,則未發生甲基化的胞嘧啶被轉化為尿嘧啶,而發生甲基化的胞嘧啶不變。根據某一待測位點或者調查的某一區域序列設計引物進行PCR擴增,通過PCR電泳、測序、熒光定量及質譜等方法對擴增產物進行檢測,根據檢測結果分析基因組甲基化的情況。

 

服務特點

精確度高,能明確目的片段中每一個CpG位點的甲基化狀態

 

主要服務方案

1. 亞硫酸氫鹽測序法(Bisulfite Sequencing PCR,BSP)

實驗原理:

用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA,未發生甲基化的胞嘧啶被轉化為尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶不變。針對要調查的區域設計BSP引物進行PCR擴增,對擴增產物進行測序就可以判斷哪些CpG位點發生了甲基化。根據測序方式不同,又分為以下幾種:

a. BSP直接測序法:對于BSP引物擴增產物直接進行測序;

b. BSP克隆測序法:將PCR產物克隆,之后提取質粒進行測序,此方法成功率高、檢測方便,適合常規數量樣本的特定靶標區域甲基化分析,是國際通用的甲基化分析金標準;

c. BSP高通量測序法:可以進行目標片段甲基化水平分析,也可進行全基因組甲基化水平分析。

技術特點:準確度高、能給甲基化位點精確定位、可重復性高

實驗流程:

(1)BSP引物設計:針對感興趣的基因區域進行BSP引物的設計(一般擴增產物不超過300bp)

(2)亞硫酸氫鹽處理基因組DNA:提取基因組DNA并進行亞硫酸氫鹽的轉化

(3)PCR擴增目的片段:BSP引物擴增感興趣的區域

(4)克隆到載體:將PCR產物純化后連接到T載體上

(5)克隆測序:挑取陽性菌斑,提取質粒并測序

(6)序列分析:對測序的結果進行比對和甲基化分析(一般10個克隆子)

 

2. 熒光定量法(Methylight)

此方法利用TaqMan 探針和PCR引物來區分甲基化和未甲基化的DNA。首先用亞硫酸氫鹽處理DNA片段,針對甲基化和未甲基化序列各設計一個探針,用不同的熒光標記,隨后開展實時定量PCR。如果探針與DNA雜交則釋放出熒光信號,根據熒光信號的強度比值計算甲基化水平。

 

技術特點

檢測通量高。早期由于沒有其它高通量的檢測方式,用熒光定量法針對較多的樣品進行檢測時,是一個比較好的檢測方案。但是該方法問題比較多,待檢測的區域只有一個甲基化位點時,探針的區分度不高。同時,為了達到比較好的區分效果,一般采用MGB探針,探針成本較高。如果只是檢測少量樣品,探針分攤成本很高。現在針對較多的樣品待檢測時,通常都會采用高通量測序法,快速、準確,成本可控。 


客戶提供

 1 要調查的基因名稱、種屬

 2 要調查的甲基化區域或位點

 3 足量的科研樣本,保證樣本質量,提供清晰樣品編號


送樣要求

 1 樣品要求:細胞≥105個;組織≥100mg,黃豆大??;全血≥0.5ml;基因組DNA ≥5ug                      

 2 所有樣品建議干冰或冰袋運輸,保證樣品質量


檢測周期

常規檢測任務2-4周內完成,具體時間根據樣本量和檢測的基因數而定。


下單流程

直接訂購:將需求內容給直接發送到[email protected],或致電021-67840418

網上訂購:捷瑞網站首頁→訂單下載→下載甲基化服務訂單→填寫完整實驗信息→發送至[email protected]


報告內容

提供完整實驗報告、電泳圖、測序結果、序列比對結果、甲基化點狀圖、柱狀圖以及初步分析數據等。

 

 

注:可登陸捷瑞公司首頁下載甲基化檢測報告示例,流程如下:

登陸捷瑞公司首頁------技術支持----技術資料---下載甲基化檢測報告示例。



 

  

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